modelisation de molecules, d'atomes et de nanotechnologies

[yannminh]

Bonjour,

je suis à la recherche d'un soft en freeware, pour modéliser des BuckyBalls, les molécules de Fullerène (carbone60) utilisées en nanotechnologie... et qui peut les exporter pour que je les reprenne dans C4D, le but étant de fabriquer rapidement ce genre de chose

http://www.imm.org/Images/fineMotionS.jpg


Le chic du chic serait un soft qui peut lire et exporter les fichiers .pdb comme ceux qu'on peut trouver sur ce site
http://www.imm.org/Parts/Parts2.html

j'ai trouvé un vieux soft très bien qui tourne sur mac0S9 ou Classic,

http://www.carol.com/mass.shtml

malheureusement il exporte pas ses modèles...

si ça se trouve un simple soft de modélisation moléculaire pourrait faire l'affaire, et si ça se trouve, il y a aussi un plug-in pour C4D

Bref, si quelqu'un a une piste, je suis preneur...

Merci

Yann, Nanootechnologiste...

[Pascal]

Tu nous as habitués à mieux, question harmonie des couleurs. Faut arrêter les soirées Tupperware.

[Pascal]

Ah au fait, y'a l'autre furieux, là, qui fait des trucs bizarres pour C4D, mais je ne pense pas qu'il y ait une usine à isotopes.

http://www.trobo.com

Non, pas ça. Ça c'est chez Gong.

Ici : http://www.3d-meier.de/

[yannminh]

Merci, je vais regarder,

de mon côté, j'ai peut-être trouvé...

ici une page avec pas mal d'explications comment importer dans C4D des molécules

http://www.bmc.med.utoronto.ca/molecule/

et peut-être les softs qui vont me dépanner

http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/

http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/

http://www.chemicalgraphics.com/PovChem/download.html#windows

Yann, NanooNaute

[Pascal]

Bah écoute, si t'as besoin de rien, tu me demandes, hein. Ou alors à Gong.

[Sir Gong]

oui, n'hésite pas !

[yannminh]

Je viens passer sur le site de Gong.. super, et très drôle... :-)

sinon, le site de Meier que tu m'as indiqué est une vrai mine... dommage que je cause pas allemand... mais merci, j'ai trouvé des plugs intéressants ainsi que les formules... super bien...

Juste une question pour ceux qui ont compris... c'est quoi les trucs qui semblent s'appeller des attracteurs sur son site...

Yann, attracté...

[Pascal]

"La notion Attraktor vient de la théorie de chaos.* Dans les Cinema, il y a un Attraktor, lui s'agit également de Modifikator pour le système de particule.* Par une force de gravitation radialsymmetrische particules recueilli [ 6 ].* Avec les Attraktoren que je voudrais décrire ici, des couples de valeur d'un calcul sont recueillis sur une manière semblable.* Nous produisons une conséquence de points par un algorithme dans le secteur que nous lions ou dessinons comme nuage de boule à un Spline courbe.* À l'exemple de Lorenz Attraktors, je voudrais démontrer une fois cette recueillir."

Traduit sauvagement de l'allemand via cette page :

http://www.google.com/language_tools?q=rre&hl=fr&lr=&ie=UTF-8&oe=UTF-8

(J'ai fait 5 ans d'allemand, mais je ne sais dire que "Guten tag, ich heiße Herr Naumann" * et "Ich will die Birne" *, ou encore "Glaubst du das ein drat genückt" *, ce qui aide peu, pour communiquer.)

*Die Deutchen, ouvrage incontournable pour apprendre l'allemand dans les collèges français. Un grand moment de littérature.

[yannminh]

Pffff... :-) bon au moins j'ai compris que c'est pour les particules...

Bon, sinon j'ai trouvé, le soft qui marche et qui me permet d'ouvrir et d'exporter vers C4D en vrml des fichiers de molécules nanotech de type .PDB, c'est celui la :

http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/

Et ça tourne sur mac et PC

Merci de votre aide :-)

Yann, Poor Lonesome Noonaute...

[yannminh]

Pour les cyberaddicts qui veulent noocommunier dans la cybersphère nanomythique...

vous pouvez télécharger un modèle de Nanomecanisme en .pdb, conçu par E Drexler, ici

http://www.imm.org/Parts/Parts2.html

L'ouvrir avec VMD

http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/

L'exporter en VRML 2

puis l'importer dans C4D rien que pour le fun... ça sert à rien, mais c'est jubilatoire...

http://yannminh.com/ftpyann/FineMotionC4D.jpg

Pour la petite histoire, Eric Drexler est l'auteur d'un texte publié en 1986 qui est considéré comme précurseur et fondateur des recherches en Nanotechnologies, "engines of création" disponible en français ici : http://www.foresight.org/EOC/index.html

Je vous conseil d'y jeter un oeil, car c'est une prospective de SF et de cyberculture très débridée, et c'est étonnant comme ce texte fondateur* a pu être relativement visionnaire... et dans tous les cas, il es la preuve que les scientifiques n'attendent pas les auteurs de SF pour se faire de gros délires prospectifs... :-)

Yann, noochroniqueur

[Pascal]

Je viens de charger le programme VMD, c'est très impressionnant. J'y ai mis le nano-machin roulant, et tout d'un coup je me prends pour un chercheur qui montre sa dernière découverte au journal télévisé, pendant qu'une laborantine en blouse blanche vide une éprouvette au compte-goutte, au second plan. Merci de nous apprendre des choses, Yann. Par contre, j'hésite à montrer à Gong.

[Sir Gong]

Merci Pascal, mais je resterai fidèle à Supermag.

http://gabribu.free.fr/files/fc4d/divers/supermag2.jpghttp://gabribu.free.fr/files/fc4d/divers/spmag.jpg

[Pascal]

Yann, tu vas encore me faire perdre une journée, je suis conquis.

Voici un tout petit essai de molécule exportée en VRML 1, donc récupérée en primitives C4D, puis alliée à Nota©Renato (432 ko le gif, désolé) :

http://www.soladida.net/c4d/tut/exemples/mol/mol.gif

J'ai aussi trouvé quelques molécules plus simples pour faire joujou :

http://chemistry.gsu.edu/glactone/PDB/pdb.html

http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/pajek/data/pdbs.htm

http://www.ibrium.se/macdim/modules/pdb.html

Pour en trouver d'autres, taper "pdb files" in gougueul.

[PP]

Et la fonction Réseau d'Atomes dans C4D, c'est du mou de veau ?

[yannminh]

Beeennnn, oui, c'est pas mal, sauf qu'il me semble un peu laborieux de devoir se reconstruire à la main même avec le réseau d'atome le genre de configuration moléculaire vue ci-dessus... à moins qu'il me manque une info... car pour l'instant j'ai pas trouvé comment importer du .PDB directement...

Yann, atomiseur de réseau

[yannminh]

Yann, tu vas encore me faire perdre une journée, je suis conquis.

Voici un tout petit essai de molécule exportée en VRML 1, donc récupérée en primitives C4D, puis alliée à Nota©Renato (432 ko le gif, désolé) :



Excellent... quelques questions sur Nota avant que je l'achète, car ce que tu fais la m'intéresse énormément...

1) Est-ce que si je fais un rendu sur la renderfarm de Dann, cela va l'obliger à installer Nota sur toutes ses machines, ou est-ce qu'on peut éviter, en "bakant" l'animation...

2) est-ce que ça a été long de faire cette animation ? ou c'est pratiquement automatique... ? est ce que ça va marcher avec une nanomachine complexe comme celle d'Eric Drexler...

Yann, noointéressé...

[Pascal]

Yann, je te rappelle que tu habites à 5 mn, tu viens essayer Nota quand tu veux...

Oui, c'est quasi instantanné pour cette anim, rien à paramétrer.

Oui, il faudra installer Nota sur le net server et les clients, mais c'est multi licence.

Oui, en théorie ça marche sur le gros tracteur, mais j'ai eu des soucis pour éditer l'objet, car il fait près de 10.000 éléments.
Mais je pense qu'on doit pouvoir séparer les groupes d'atomes dans VMD et exporter par morceaux.

[yannminh]

OK merci

oui, faut que je passe te voir... j'ai un peu regretté d'ailleurs d'avoir raté votre repas l'autre soir... mais bon, faut dire qu'il y avait pleins de filles chez moi...* :-)


A cette page, on peut trouver quelques belles nanomachines

http://www.zyvex.com/nanotech/images/animatedBearingSmall.gif

Et la on peut télcharger deux autres projets de nanomachines en .pdb, dessinées par E.Drexler

http://www.zyvex.com/nanotech/visuals.html


http://www.imm.org/Parts/Parts3.html



http://www.imm.org/Images/diffGearVS.GIF

http://www.imm.org/Images/PumpCoreSm.jpeg


Et la un projet de nanomachine biologique très beau

http://www.nanonet.go.jp/english/mailmag/2004/011a.html

http://www.nanonet.go.jp/english/mailmag/2004/files/011a7s.jpg


Yann, Nanooaddict

[Pascal]

J'ai un peu fouillé dans VMD, on peut y sélectionner les éléments voulus, ce qui permet d'exporter par morceaux.
Ça évite d'avoir des groupes trop importants, et on peut ainsi créer différents groupes, commandés chacun par un tag Nota spécifique.

[yannminh]

Ok, intéressant,

en plus je viens de vérifier, nota 1.43, est installé sur la renderfarm de Dann
http://www.renderking.com/rkfaq.htm#Anchor-How-14210

donc pas de problème pour lancer une animation de ce type à Miami...

me reste plus qu'à vérifier qu'il fonctionne avec la 9.5... ?


Yann, renderfarmer

[Sir Gong]

me reste plus qu'à vérifier qu'il fonctionne avec la 9.5... ?
oui, il fonctionne avec la 9.5

Gong, amateur de nooilles.

[archeo]

Merci pour cette recherche sur la visualisation des molécules au format pdb. :love:



OK merci

Et la un projet de nanomachine biologique très beau

http://www.nanonet.go.jp/english/mailmag/2004/011a.html

Yann, Nanooaddict


C'est un projet qui est terminé depuis 2 milliards d'années puisque c'est le flagelle d'une bactérie. :mrgreen: C'est un micromoteur rotatif à ATP. Le gars a du culot de présenter ça dans le titre comme un projet de nanomachine. :shock:

Un logiciel pour visualiser directement les pdb
http://www.umass.edu/microbio/rasmol/

et un plugin pour internet explorer (entiérement programmable) pour les visionner sur une page HTML et concevoir des cours interactifs. C'est bien pratique pour faire comprendre à un éléve plus ou moins cérébré comment fonctionne une enzyme

http://www.mdl.com/my_account/index.jsp?urlreturn=/downloads/public/chime/2.6.SP6/winnt4-2000-xp/MDLChime26SP6.jsp

(il faut s'inscrire mais c'est gratuit).

[Pascal]

Je me disais bien qu'il manquait un scientifique, ici.

A propos de Nota, au fait, il y a une version basses calories sur le site de Renato, je crois.

http://www.tarabella.it/c4d/

[yannminh]

Juste pour info, pour ceux qui chercheraient des molécules d'ADN en .pdb

on peut en trouver ici

http://www.steve.gb.com/science/molecules.html

http://www.nyu.edu/pages/mathmol/textbook/life.html

Yann, nanomodeleur...